Niches et Epigénétique des Cancers (NET)

Niches et epigénétique des tumeurs

Le réseau "Niches et Epigénétique des Tumeurs (NET)" est né en 2018 du regroupement des réseaux "Microenvironnement des niches tumorales" et "Epigénétique".

Les recherches du réseau NET ont pour but de comprendre les phénomènes de résistances aux thérapies anti-cancéreuses et de tumorogenèse via le déchiffrage :

  • des mécanismes épigénétiques touchant les cellules tumorales, immunitaires et les cellules du microenvironnement (cellules stromales mésenchymateuses, matrice extra-cellulaire, etc…), et
  • du dialogue intercellulaire existant entre les acteurs de la niche.

Une meilleure compréhension de ces phénomènes permettrait d'améliorer la prise charge thérapeutique des patients à travers le développement de biomarqueurs et de molécules innovantes ciblant les acteurs de la niche et de l'épigénétique.

 

Groupe de travail 1. Etude de l'impact des traitements anti-cancéreux sur l'épigénome et la communication des acteurs de la niche.

Les traitements anticancéreux ont un impact direct sur l'épigénome des cellules de la niche, et font dans le même temps modifier les différents moyens de communication existant entre ces cellules comme les échanges d'acteurs épigénétiques (ARNs non codants, des protéines à fonction épigénétique contenus dans des vésicules extracellulaires dont les exosomes), de cytokines, PGE2, etc. Le GT#1 visera à comprendre comment les molécules anticancéreuses modifient ces moyens de communications et l'épigénome des cellules de la niche. A terme, ces recherches devraient permettre l'identification des mécanismes de résistance aux traitements et de proposer des stratégies thérapeutiques originales pour les cibler.

 

Groupe de travail 2. Etude de l'impact des facteurs exogènes, comme les polluants de l'environnement (pesticides…), sur la niche cancéreuse et sur les modifications épigénétiques.

L'impact de la pollution environnementale sur le risque de cancer ne fait plus débat. Le réseau NET s'intéresse aux effets tumorogéniques i) des faibles doses de pesticides auxquelles sont exposées la population générale en considérant des « cocktails » d'associations de pesticides et ii) un polluant donné sur des populations surexposées de part leur activité professionnelle.

 

Groupe de travail 3. Développement de modèles d'études et d'outils originaux.

  • Du développement de modèle 3D de la niche tumorale à la biologie spatiale

Afin de se rapprocher aux mieux du développement tumoral in vivo chez l'Homme, le réseau NET travaille sur la mise en place de modèle 2D/3D de culture cellulaire intégrant les différentes composantes du microenvironnement tumoral et ses composantes physico-chimiques (hypoxie, pH, etc…). Pour cela, le GT#3 du réseau NET s'appuie sur l'utilisation de lignées tumorales, des cellules primaires ainsi que des biocollections de biopsies liquides et solides.

  • Optimisation de méthodes de séquençage long read appliquées à l’épigénétique et l’épitranscriptomique dans la recherche de biomarqueurs
Un appel à participation est lancé pour la constitution de ce groupe de travail. Vous êtes intéressés par rejoindre le groupe de réflexion, faites-vous connaître!

PROJETS CANCÉROPÔLE PORTÉS PAR LE RÉSEAU

Au travers de ses appels d'offres le Cancéropôle Grand Ouest soutient actuellement les projets suivants :

  • Le projet Structurant Stro-TARGET (AOS Régions 2022) Targeting stromal remodeling to improve anticancer treatments, porté par Olivier Hérault et regroupant 4 équipes du réseau NET.
    Objectif principal du projet :En caractérisant les anomalies de méthylation de l'ADN dans les cellules stromales ayant un impact sur leur fonctionnalité (métabolisme, sécrétome...), le projet STRO-TARGET vise à améliorer la chimiosensibilité des cancers en identifiant les anomalies spontanées et induites par les traitements dans le microenvironnement tumoral qui peuvent être ciblées par des traitements spécifiques complémentaires à la chimiothérapie de référence.
  • Emergence inter-réseaux NET et SHS (AOE 2023) EpiSPORT : Sport et épigénétique : vers une prise en charge personnalisée du cancer du sein. Ce projet est porté par Joséphine Briand (réseau NET) et Stacey Johnson (réseau SHS).
  • Emergence inter-réseaux NET et 3MC (AOE 2023) KCNN2THERANO : KCNN2, une cible théranostique ? Ce projet est porté par Pierre-François Cartron (réseau NET) et Christophe Vandier (réseau 3MC).
  • Emergence inter-réseaux NET et 3MC (AOE 2024) Ago-ALMIC : Synthèse d’agonistes de l’ALDH2 pour la reprogrammation métabolique du microenvironnement médullaire exposé aux pesticides. Ce projet est porté par Amélie Foucault (réseau NET) et Frédéric Buron (réseau 3MC).
  • Emergence inter-réseaux NET et CasTHor (AOE 2024) IMACALSEQCAP : Imagerie calcique et séquençage à longue lecture en cellule unique pour l’étude de l’interaction des cellules cancéreuses prostatiques et leur micro-environnement. Ce projet est porté par Thomas Derrien (réseau NET) et David Crottès (réseau CasTHor).

Le Cancéropôle a soutenu depuis 2016 les projets suivants :

  • Le projet Structurant lncRESIST (2020-2023) Functional CRISPR screens to identify lncRNAs conferring drug resistance in four solid cancers (melanoma, lung, cancer, prostate cancer and glioma), porté par David Gilot puis Remy Pedeux.
  • Le projet Structurant NuPAC (2020-2023) Impact of Nutrition and Physical Activity on predictive Cancer biomarkers, porté par Pierre-François Cartron.
  • Le projet Structurant PeNiCa (2016-2019), porté par Olivier Hérault, regroupe cinq équipes du réseau NET et s'intéresse aux effets d'un mélange de pesticides à faibles doses sur les cellules souches et stromales des niches. L'objectif est d'étudier l'impact de ses pesticides sur la progression, l'invasion et la chimiorésistance des tumeurs.
  • Le projet Structurant ExomiR (2018-2021), porté par Delphine Fradin, regroupe onze équipes du réseau NET, et avait pour objectif d'étudier le contenu en micro-ARNs des exosomes du microenvironnement des cancers. Les exosomes sont des vésicules issues des cellules tumorales servant à la communication intercellulaire. Leur contenu permet ainsi de moduler l'expression des gènes de la cellule réceptrice. Ce projet a permis un tremplin à un projet SIGN'IT financé par la Fondation ARC.
  • L'appel d'offre Emergence 2018 a été attribué à Aurélien Sérandour pour son projet, visait à mettre en évidence les acteurs épigénétiques à l'origine de la résistante acquise au Témozolomide via une approche innovante de CRISPR Knock-Out ou CRISPR-activation. Cet outil technique peut être partagé avec la communauté du CGO.
  • Le projet lauréat de l'appel d'offre commun CGO/AstraZeneca (2017-2020), porté par Pierre-François Cartron, a permis de mettre en évidence des marques épigénétiques associées à la résistance au traitement PARP inhibiteur dans le cadre du cancer de l'ovaire.